השבת בבתי הכנסת יוציאו שני ספרי תורה. בראשון יקראו את פרשת השבוע ראה, שנפתחת בדברי משה לפיהם עומדות לפנינו שתי דרכים, ואנו נקראים לבחור בדרך הברכה. בספר השני, לכבוד ראש חודש אלול שחל השבת, נקרא על הקורבנות שהקריבו במקדש בראש חודש.
חודש אלול נקרא גם חודש הרחמים והסליחות, מאחר שחודש זה מוקדש לחשבון נפש והתקרבות לבורא, באמצעות תוספת בתורה, תפילה ועזרה לזולת.
המקובל הידוע האר"י הקדוש הביא רמז לכך מערי המקלט, אליהן נמלט מי שהרג בשוגג. התורה אומרת בספר שמות, שאם אדם הרג את השני בלי כוונה, עליו לצאת לגלות לעיר המקלט, שרק בה הוא מוגן מנקמת דם. בין הפסוקים שעוסקים בנושא זה כתובות המילים 'אינה לידו ושמתי לך' שחיבור האות הראשונה של כל אחת מהמילים יוצר את המילה אלול. על פניו לא ברור הקשר בין חודש התשובה לבין ההלכה שנוגעת לרוצח בשוגג?!
כשאדם עושה חשבון נפש, ומשחזר את כל מה שעשה במשך השנה שחלפה, הוא מבחין שישנם כמה דברים לא רצויים אותם עשה ועוד כמה עניינים אותם החסיר- שבאמצעותם הוא פגע בנפש האלוקית שלו ובקשר שלו לבורא העולם, האדם עלול להגיע לייאוש. לכן מזכירה לו התורה שגם למי שהרג נפש בשגגה יש תיקון בעיר המקלט, וגם ליהודי שנכשל בעצת היצר הרע שבו, ופגע בנפש האלוקית, יש לו תיקון.
עיר המקלט בימינו היא העיסוק בדברי תורה, וההתמסרות לתורה שנקראת תורת חיים, היא התיקון לפגיעה בחיי הנפש.
כשיהודי עושה חשבון נפש בצורה כזו, אזי התשובה נעשית מתוך שמחה והתמקדות בחיובי.