התפיסה המקצועית הבסיסית של החברה שיש בסיס רחב משותף להבנת נפש האדם, בבחינת "בצלם אלוהים ברא אותו". מבנה האישיות, ההתפתחות הרגשית והנפשית וההתנהגות היא אוניברסלית לכל אדם, ללא הבדל מוצא, דת ולאום, ולכן לא מדובר בפסיכולוגיה מהותית אחרת. הבעיות הרגשיות והנפשיות של הציבור הדתי הן אותן בעיות המתוארים היטב בספרות המקצועית, אך היכולת להבנה ואמפטיה בטיפול לציבור דתי תלויה בהיכרות עמוקה, ידע ורגישות מיוחדת.
לכן הוחלט על הקמת מכון ייחודי שיתאים לצרכיו של הציבור הדתי. המכון הוקם ע"י ד"ר צבי מוזס, פסיכולוג קליני דתי וצוות המכון כולל אנשי מקצוע דתיים, פסיכולוגים קליניים וחינוכיים, עו"ס פסיכותרפיסטים, מטפלים זוגיים ומשפחתיים, ופסיכיאטרים. המכון הוא בעל פריסה ארצית, ונותן שירות לציבור אשר מעדיף מקום פרטי ודיסקרטי. השירות כולל התאמה אופטימלית לכל מטופל את המטפל המתאים לו מבחינת אופי הבעיות, גיל, מין, גוון דתי, מיקום גיאוגרפי וכל מה שרלוונטי להתאמה אישית.
לדוגמא, נושא המיניות שהפך לנושא חם בציבור הכללי, נחשב בציבור הדתי לנושא מורכב יותר. לאחרונה התפרסמה כתבה במקו- "מופקרים" תמונה מדאיגה של מצב החינוך המיני: אין הדרכה אין ליווי, אין פיקוח. המערכת נטשה את בני הנוער והפקירה אותם ללמוד מהרחוב ומהפורנו.
ההשקפה התורנית היא שמדובר בנושא שאם בכלל דנים בו זה ברשות הפרט ובצנעה, וברשות הרבים רק בעקיפין ובלשון יפה. שמים את הדגש על מגבלות ההלכה, ומרבים באזהרות ובאיסורים. המיניות נמצאת אמנם בלב החומר התורני, במקרא, במשנה ובתלמוד, באופן שמזמן ומאפשר לרבנים ומחנכים לדבר על הנושא בהקשר הראוי. אך בשטח נראה שלרוב עוקפים את הנושא, מדחיקים אותו, ועוטפים אותו במעטפת של דיבור "נקי" המונע התייחסות ישירה וגלויה. הנוסחה הדתית הקלסית היא הצנעת הנושא, הימנעות מדיון בציבור ובפרהסיה, וניסיון להביא את שני המינים נקיים ותמימים. על כן המכון מקיים טיפול מיוחד בנושא זה עבור בני נוער ומבוגרים מהמגזר.
מכון שילה נותן מענה למיגוון הרחב של הבעיות הרגשיות וההתנהגותיות ע"י מתן שירות מקצועי ברמה גבוהה, ומשמש "בית חם" דיסקרטי ואמין לאבחון, טיפול, יעוץ והכוונה. צוות המכון הוא בעל הכשרה מקצועית המקובלת בתחום הפסיכולוגיה בכלל והפסיכותרפיה בפרט. מכון זה בוחר בקפידה את אנשי הצוות ולוקח אחריות מקצועית כוללת, כאשר האחריות האישית לכל טיפול היא של המטפל עצמו.
המכון מקיים ישיבות צוות, קבוצת הדרכה, כנסים מקצועיים, ויוזם פעילויות מקצועיות למטפלים דתיים, ולרווחת הציבור הרחב. ואף הוציא בעבר עלון שבת מיוחד בנושא פסיכולוגיה ויהדות, המשקף את הלך הרוח של אנשי מקצוע דתיים, ומנסה לקרב את הציבור הרחב לצרוך שירות פסיכולוגי מגוון בהתאם לבעיות הקיימות. על פי תפיסתם, ישנו צורך בקשר ודיאלוג עם רבנים וגופי דתיים על מנת שיוכלו לתרום תרומה מקצועית וכוללת לבעיות ייחודיות שקיימות בציבור הדתי.
סניפי המכון נפרסים לאורך כל הארץ : בצפון, בדרום, במרכז, בשרון, בשפלה, בערים הגדולות – ירושלים, תל אביב וחיפה. הסניף הראשי נמצא בגבעת שמואל ברחוב הרצוג 25 א'.